From sami.kaski@hut.fi Fri Dec 15 15:14:28 2000
Date: Sun, 10 Dec 2000 23:17:10 +0200 (EET)
From: Sami Kaski <sami.kaski@hut.fi>
To: jnikkila@james.hut.fi
Subject: Bioinf-tehtäviä


Moi: Tässä olisi tehtäviä suurimpaan osaan esitelmistä. Lopusta jäi
muutama katsomatta, toivottavasti ehdit vilkaista.

Nuo "too easy":t voisi ehkä jättää lopulliseenkin kuvaukseen?

Sami

-----
Too easy; smooth start: SM, Ch.7, Ex. 13.

Easy again: SM, Ch.8, Ex. 2 (Give a _new_ example.)

DEKM: Ex. 9.10

DEKM: Ex. 10.4

SSK, Ch. 11: The authors propose a method for computing a substituting
matrix for amino acids. Characterize the differences from the PAM
matrices. Comment the proposal. Where would you use each?

Explain SSK, Ch. 12, eqn (2) (p.242). Use at most 1 page.

Paper by Chen et al (regulatory networks): Try to justify the Maximum
gene regulation problem.

SSK: Ch. 14: Voisi ehkä jättää väliin.

SSK: Ch. 15: Löytyisikö joku yksinkertainen Bayes-verkko-tehtävä
labrasta? Erkkihän piti sellaisen kurssin vastikään?

Paper by Tamayo et al: "Translate" the SOM algorithm to the more
familiar notation (see, e.g.,
http://www.cis.hut.fi/research/som-research/som.html).