Datan komponenttien varianssi vaikuttaa huomattavasti kartan järjestymiseen. Jos komponentin varianssi on selvästi korkeampi kuin muiden, järjestyy kartta voimakkaasti sen mukaan. Datan komponenttien skaalaamiseen ei ole yksinkertaista ratkaisua, vaan se on harkittava tapauskohtaisesti sen mukaan, millaista data on ja mitä kartalla oikein halutaan kuvata (esim. [2,21]). Sopiva menettely löytyy yleensä vain kokeilemalla.
Paitsi komponenteittain voidaan data skaalata myös vektorikohtaisesti: datavektorit voidaan skaalata esimerkiksi yksikkövektoreiksi.