SOM Toolboxilla on aliohjelmakirjaston, kehitysympäristön ja menetelmätoteutuksen piirteitä. Matlab-ohjelmisto on tieteellisen laskennan ja visualisoinnin kehitysympäristö ja SOM Toolbox sen aliohjelmakirjasto. Yhdessä näiden avulla voi toteuttaa joustavasti erilaisia kokeiluja. Matlab-SOM Toolbox -yhdistelmä ei ole koko laajan neurolaskennan alan kehitysympäristö, vaan nimenomaan itseorganisoituvaan karttaan perustuvien menetelmien kehitysympäristö. Graafisen käyttöliittymän avulla suoritettu opetus ja visualisointi ovat puolestaan SOM Toolboxin käyttöä menetelmätoteutuksena: graafinen käyttöliittymä antaa mahdollisuuden muuttaa vain parametreja, mutta ei itse prosessia.