Kartan järjestymiseen voidaan vaikuttaa opetusparametrien oikealla
valinnalla. Yleinen käytännön menetelmä on opettaa kartta ensin
laajalla naapurustolla -- naapurustofunktion h parametri on suuri suhteessa kartan tilavuuteen. Tällöin kartta on jäykkä ja
saadaan järjestymään globaalisti. Tämä opetusvaihe on tyypillisesti
muutaman epokin mittainen. Seuraavasssa vaiheessa opetus aloitetaan
pienemmällä naapurustolla ja opetusparametrin alkuarvolla, jolloin
kvantisointivirhe pienenee, mutta kartta ei toivottavasti enää pääse
globaalisti epäjärjestymään.
Kohosen perusteoksessa [23, sivu 80] mainitaan
peukalosäännöiksi tuhannen opetusaskeleen luokkaa oleva ensimmäinen,
karkean opetuksen vaihe, jonka aikana naapuruston säde voi
olla aluksi yli puolet kartan halkaisijasta pienentyen yhteen
yksikköön ja oppimisnopeuskertoimen alkuarvo on lähellä
yhtä. Toisessa vaiheessa naapurusto voi olla alun alkaen pieni ja
:n alkuarvo luokkaa 0.02. Jos kartta on
alustettu lineaarisesti, voi karkean opetusvaiheen jättää pois
[23, sivu 107]. Kuvassa 2.2 on esitetty
naapuruston koon vaikutus lineaarisen alustuksen jälkeisessä
yksivaiheisessa opetuksessa.
Oppimisnopeuskerroin- ja naapurustofunktion muodot eivät ilmeisesti
ole erityisen kriittisiä parametrivalintoja. On kuitenkin olemassa
tuloksia, joilla voi perustella joidenkin valintojen
paremmuutta. Lähteen [7] perusteella konveksi
naapurustofunktio on suotuisampi kartan järjestymiselle kuin konkaavi.
Toinen tulos on, että oppimisnopeuskertoimen () arvon tulisi
vähetä kaavan 2.3 tyyppisesti, jotta kaikki opetusjoukon
näytteet vaikuttaisivat yhtä paljon [30]. Kartan hilassa tulisi
käyttää kuusikulmionaapurustoa, jolloin kartan visualisointi ei suosi
pysty- ja vaakasuoria suuntia siinä määrin kuin neliönaapurusto
[23, sivu 112].
Itseorganisoituvan kartan teoreettinen analyysi on osoittautunut vaikeaksi, ja monet mm. kartan konvergoitumiseen liittyvät kysymykset ovat vielä avoimia [4,23]. Kartta-algoritmi on kuitenkin käytännössä osoittautunut harvinaisen robustiksi (vankaksi) parametrivalintojen suhteen. Käytännön tehtävissä datan skaalaus, kohina ja tarkasteltavien parametrien valinta alun alkaen ovat ilmeisesti enemmän huomiota vaativia ongelmia kuin kartan opetusrutiinin äärimmäinen hiominen.